NLY:llä on kaksi valiokuntaa: koulutusvaliokunta ja edunvalvontavaliokunta. Hallitus valitsee valiokuntien jäsenet vuosittain. Molempiin valiokuntiin otetaan 10 – 15 aktiivia eri puolilta Suomea. Hallitus antaa valiokunnille valmistelutehtäviä koulutukseen, työolosuhteisiin ja palkkaedunvalvontaan liittyen.

Valiokunnat puolestaan valmistelevat asiat ja esittävät ne hallitukselle hyväksyttäviksi ja sitä kautta jatkokäyttöön Suomen Lääkäriliittoon, lähetettäväksi ministeriöille tai suoraan jäsenistölle. Valiokuntien kokoukset ovat melko vapaamuotoisia – ne toimivat viestivälineenä paikallistasolta valtakunnan tasolle, niissä käydään vilkkaita keskusteluja, kehitellään uusia ideoita ja toisaalta kerätään tietoa jäsenistön käytettäväksi.

Hallituksen sisällä on lisäksi työvaliokunta, jossa valmistellaan asioita hallituksen kokouksia varten puheenjohtajan, varapuheenjohtajan, sihteerin ja taloudenhoitajan toimesta. Lisäksi hallituksessa toimii työryhmiä (esim.nuorilääkäripäivien järjestelytyöryhmä) ja projektityöryhmiä, joihin tarvittaessa pyydetään myös hallituksen ulkopuolisia asiantuntijoita.

Edunvalvontavaliokunnan puheenjohtajana toimii Noora Ritamäki Espoosta ja koulutusvaliokunnan puheenjohtajana Elina Leinonen Helsingistä.